Od pierwszej połowy XV wieku istnieje jako wieś. Wieś stanowiła własność królewską. W XV wieku należała do Jaksy Wrocha. Została zakupiona przez Piotra Smolickiego, Starostę sanockiego.
Pierwszy kościół w Targowiskach powstał w 1406 roku, początek XV wieku, a poświęcony w późniejszym czasie przez biskupa przemyskiego Mikołaja Odrowąż Błażejowskiego. Był to kościół drewniany. Jest także wzmianka o pierwszym proboszczu, którym był Wawrzyniec Koszol.
Po przeszło półwieczu wybudowano kościółek około 1460 roku, prawdopodobnie na skutek spalenia pierwszego kościoła. Kościół ten został ufundowany przez Piotra Smolickiego starostę sanockiego. Pod koniec XVI wieku kościołem władali kalwini, oddany katolikom w 1600 roku. Nastąpiło wkrótce pogorszenie jego stanu i pod koniec XVII wieku, wymagał znacznego remontu. Posiadał trzy ołtarze, z których w największym trzymano Najświętszy Sakrament. W kościele była rónież ambona i chrzcielnica kamienna.
Kiedy ten pierwszy kościół zniszczył ząb czasu, wybudował nowy kościół w latach 1736-1740 ówczesny
właściciel Targowisk Antoni Baranowski, stolnik dobrzyński.
Konsekrowany przez biskupa przemyskiego Wacława Sierakowskiego w 1748 roku, pw. Św. Małgorzaty.
Od północy została dobudowana kaplica Serca Pana Jezusa w 1873 roku, na zewnątrz pobita gontem. Kościół został przedłużony ku zachodowi w 1895 roku. Wewnątrz kościoła jest polichromia figuralna z roku 1897, malowana w prezbiterium i nawie przez artystę malarza Jana Tabińskiego z Rzeszowa . Dwukrotnie przemalowana w 1928 i 1952 roku przez malarza Władysława Lisowskiego.
W roku 1982 stary drewniany kościół został podniesiony, przy dużym zaangażowaniu parafian. Pracami podnoszenia kościoła kierował Józef Pelczar stolarz i mieszkaniec Targowisk. Kościół drewniany podniesiono półtora metra i wybetonowano kościół dolny wkopując się w ziemię na głębokość półtora metra. W latach 1983 – 1990 kościół został całkowicie odrestaurowany i konserwowany przez Stanisława i Alicję Sęk z Przemyśla, a także w dużej mierze ofiarą i pracą rąk parafian. Ówczesnym proboszczem był ks. Eugeniusz Borawiak, który podjął się gruntownego remontu i konserwacji kościoła.
Została odsłonięta i odnowiona polichromia Jana Tabińskiego z roku 1897.
Kaplica i ołtarz Najświętszego Serca Pana Jezusa została odnowiona i konserwowana w 1996 r. przez Stanisława i Alicję Sęk z Przemyśla. Wówczas proboszczem parafii był od roku 1992 ks. Tadeusz Dudzik.
Ławki i konfesjonały z drzewa dębowego zostały wykonane w latach 1993 – 1996 przez Edwarda Gorczycę - stolarza z Targowisk.
Więźba dachowa storczykowa, dachy dwuspadowe pokryte blachą miedzianą.
Wokół kościoła w parkanie znajdują się cztery kapliczki, które zostały wymurowane z cegły w roku 1984, pokryto je blachą płaską. Kapliczki zostały obłożone kamieniem piaskowcem, pięknie wykończone z ciemną fugą, prace kamieniarskie wykonali Grzegorz i Paweł Gazda z Targowisk w roku 2009 i w roku 2010.
Są to cztery kapliczki pod nazwą;
- Grota Najśw.Maryji Panny Niepokalanej
- Kapliczka Pana Jezusa Miłosiernego - "Jezu ufam Tobie"
- Kapliczka Św. Jana Nepomucena.
- Kapliczka Św. Małgorzaty - patronki kościoła.
Ołtarz główny, późnobarokowy, pochodzi z 1750 roku, uzupełniony i przerobiony w 1898 roku przez Józefa Aszklara - rzeźbiarza z Lubatowej i Franciszka Lorenca z Miejsca Piastowego (dodano bramki, rzeźby i ornamenty).
Ołtarz jednokondygnacjowy ze zwieńczeniem, z bramkami, ujęty czterema kolumnami i filarami z ażurowymi uchami, mensa sarkofagowa, w polu głównym rzeźba Chrystusa ukrzyżowanego, a na zasuwie Ostatnia Wieczerza.
W zwięczeniu św. Małgorzata, patronka kościoła, na bramkach figury rzeźbione św. Elżbiety i św. Barbary.
Ołtarz boczny na balkonie z lewej strony, późnobarokowy, pochodzi z 1750 roku, jednokondygnacjowy ze zwieńczeniem i dwiema kolumnami.
Obraz w polu głównym - św. Tekla, a jako zasłona Święta Rodzina, w zwieńczeniu św. Sczepan, I-wszy męczennik.
Ołtarz boczny na balkonie z prawej strony, późnobarokowy, pochodzi z połwy XVIII wieku, jednokondygnacjowy ze zwieńczeniem i dwiema kolumnnami.
Obraz w polu głównym - Matka Boża Pocieszenia, w typie obrazu z bazyliki Santa Maria Maggiore, jako zasłona obraz Matki Bożej Różańcowej, na predelii narodziny Najświętszej Maryji Panny, w zwieńczeniu św. Anny.
Ołtarz w kaplicy górnej Najśw. Serca Pana Jezusa jednokondygnacjowy ze zwieńczeniem, z parą kolumn, ujęty ażurowymi uchami, w zwieńczeniu rzeźby dwóch aniołków i Oko Opatrzności w otoczeniu główek anielskich i obłoków.
W polu głównym obrazy; Najśw. Serce Jezusa, a jako zasuwa obraz św. Franciszka. Na ścianach namalowane figury św. Piotra i św. Pawła. Po prawej stronie znajduje się epitafium Leona i Zofii Gołaszewskich.
Ołtarz w kaplicy dolnej Matki Bożej Częstochowskiej. Kaplica została wymurowana z cegły czerwonej.
Ołtarz posoborowy i ambonka wykonane z drzewa dębowego w 1997 roku. Ołtarz zaprojektował ks. prob.Tadeusz Dudzik, a wykonał Edward Gorczyca, stolarz z Targowisk i ustawiono 01.10.1998 r.
W kaplicy Matki Bożej Częstochowskiej znajduje się ołtarz przyścienny, wykonany z drzewa dębowego przez stolarza Stanisława Charzewskiego z Targowisk, wg projektu ks.prob. Tadeusza Dudzik, ołtarz ustawiono 22 lipca 2013 roku. Symbole Maryji i anioły w atrium namalowała Dorota Bogaczyk z Targowisk. Złocenia kolumn i ornamentów dokonał Adam Miiller z Krosna. W ołtarzu znajduje się obraz olejny na płótnie Matki Bożej Częstochowskiej pędzla Stanisława Kochanka z Krosna. Ponadto w kaplicy umieszczony jest obraz Jezusa Miłosiernego, namalowany przez Stanisława Sęk z Przemyśla, oraz obraz św. Faustyny namalowany przez Jacka Śliwkę z Rymanowa Zdroju, i obraz św. Jana Pawła II, papieża.
Ambona późnobarokowa, z ornamentami w stylu regencji, z korpusem ośmiobocznym zdobionym kolumienkami i zapleckiem ujętym uchami z suchego akantu, baldachim zwieńczony rzeźbą pelikana, pochodzi z połowy XVIII wieku.
Chrzcielnica gotycka, w kształcie kielicha z czarą zdobioną trzynastoma herbami, zwieńczoną rzeźbą Chrztu Chrystusa, odnowiona w 1996 roku.
Dzwonnica - Po spaleniu się zabytkowej dzwonnicy drewnianej, która stała przed głównym wejściem kościoła do roku 1962, w którym spłąnęła. W 1965 roku zbudowano nową dzwonnicę z kamienia stojącą na czterech filarach i pokryta płaskim dachem betonowym. Projekt dzwonnicy wykonał inż. Zajdel z Krosna. Odlew nowych dzwonów wykonano
w Dąbrowie Górniczej - odlewnia Franciszka Kubicy. Dzwony umocowano 20 listopada 1965 roku. Na frontowej ścianie filarów umieszczono cztery tablice kamienne, wykonane przez pracownię Janika z Rzeszowa.
Dzwon duży waży - 710 kg. posiada wizyrunek św.Józefa i napis; "Żywych zwołuję" - Imię moje Józef.
Dzwon średni waży - 326 kg. posiada wizyrunek Matki Bożej Częstochowskiej i napis; "Maryjo Królowo Polski, jestem przy Tobie, pamiętam, czuwam". - Umarłych żegnam.
Dzwon mały waży - 254 kg. posiada wizerunek św. Małgorzaty i napis; "Imię moje Małgorzata".
W roku 2011 wykonano więźbę dachową na dzwonnicy, położono krokwie, wykonano małą wieżyczkę i pokryto blachą miedzianą, pracę wykonała firma Maks-Dach z Cieszyna.
Na cmentarzu znajduje się kaplica grobowa neogotycka, rodziny Gołaszewskich, wybudowana w 1895 roku, fundacji Marii z Załuskich Gołaszewskiej.
Plebania zabytkowa, na podmurówce kamiennej, wybudowana z cegły w 1888 roku, inicjatorem budowy plebanii był ks. prob. Mateusza Sos. Gruntownie odremontowana w latach 2001-2005. Osuszenie fundamentów plebanii, metodą Remersa i odprowadzenie wody dachowej wykonała firma "Mal-Bud" Grzegorza i Gertrudy Malinowskich z Targowisk w roku 2013. A prac przy elewacji zewnętrznej z boniowaniem, z gzymsami i łukami podjęła się firma "Jetika" z Krosna w roku 2014. Plebania pięknie odnowiona służy jako mieszkanie dla ks.proboszcza.
Dach dwuspadowy pokryty blachodachówką powlekaną w roku 2001, pracę wykonał Edward Tereszczak, Bachórz. 
Kreator stron www - przetestuj!